يضم دير مار متى ضريح مار متى أسفل مذبح الكنيسة الرئيسية (كنيسة القديس متى)، إلى جانب مدافن لمفارنة تاريخيين وقادة للكنيسة من العصور الوسطى. كما تحتفظ مكتبة الدير بأكثر من 200 مخطوطة سريانية نادرة، من بينها مخطوطة للعهد الجديد نُسخت عام 1222 ميلادي. للمزيد: التراث المسيحي في شمال العراق: دليل إلى ألقوش ودير مار متى وسهل نينوى